Freie Universität Berlin, Studiengang Bioinformatik, SS 2006

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Links zur Vorlesung "Modellierung und Datenintegration in der Systembiologie"

Software

1. Copasi (Simulationssoftware) www.copasi.org.
2. CellDesigner (Grafischer Entwurf von biochem. Netzwerken) celldesigner.org.
3. SBML (Systems biology markup language) sbml.org.

Datenbanken

1. Gesamtplan von Stoffwechsel und anderen Prozessen ("Biochemical pathways")
   Stichwortsuche
   Karte "Metabolic Pathways"
   Karte "Cellular and Molecular Processes"
2. Stoffwechselwege und Gene:
   KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
   www.genome.ad.jp/kegg/.
3. Enzymparameter: Datenbank "BRENDA"
   www.brenda.uni-koeln.de/.

Modelldatenbanken

1. JWS online jjj.biochem.sun.ac.za/database/.
2. Biomodels database www.ebi.ac.uk/biomodels/.
3. SBML model repository sbml.org/models.html.
4. CellML model repository www.cellml.org/examples/repository/.

Online-Bücher

1. Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, online-Version beim NCBI.
2. ... und natürlich Wikipedia